Madrasah Tsanawiyah Negeri (MTsN) 1 Bombana merupakan madrasah tertua sekaligus madrasah negeri pertama yang berdiri di wilayah Kabupaten Bombana, Provinsi Sulawesi Tenggara. Pada awal pendiriannya, wilayah Kabaena masih berada dalam administrasi Kabupaten Buton sebelum diberlakukannya otonomi daerah dan pemekaran Kabupaten Bombana. Cikal bakal madrasah ini berdiri pada 11 Februari 1967 di Kelurahan Teomokole, Kecamatan Kabaena, Kabupaten Buton (kini Kabupaten Bombana), Provinsi Sulawesi Tenggara, dengan nama Pendidikan Guru Agama Swasta (PGAS) 4 Tahun Kabaena. Gagasan pendiriannya diprakarsai oleh tokoh-tokoh masyarakat Kabaena, yaitu H. Dullah Djamaluddin, KH. Daud, S.A. Karim, A.K. Bara, Kawal Musafar, Muridu, Samaun, dan Adam Nurdin, sebagai bentuk kepedulian terhadap kebutuhan pendidikan Islam dan pencetakan tenaga guru agama di wilayah kepulauan Kabena serta daratan besar Moronene Khususnya dan Sulawesi Tenggara pada umumnya yang saat itu masih sangat terbatas akses pendidikannya.

Pada masa awal penyelenggaraannya, PGAS 4 Tahun Kabaena menerima 15 orang peserta didik, terdiri atas 7 siswa laki-laki dan 8 siswa perempuan. Dari jumlah tersebut, 14 orang berhasil menyelesaikan pendidikan, yakni 6 laki-laki dan 8 perempuan. Beberapa alumni angkatan pertama yang tercatat dalam sejarah antara lain Kartapati, Rahim Amin, dan Hj. Arimin, yang kemudian dikenal sebagai Ibunda dari H. Sahrun Gaus, S.P. Keberhasilan penyelenggaraan pendidikan tersebut menjadi bukti besarnya antusiasme masyarakat Kabaena terhadap pendidikan Islam, sekaligus memperlihatkan peran strategis madrasah sebagai pusat pembinaan sumber daya manusia yang berlandaskan nilai-nilai keislaman.

Perkembangan kelembagaan madrasah berlangsung secara bertahap seiring meningkatnya perhatian pemerintah terhadap pendidikan agama. Berdasarkan Surat Keputusan Kepala Kantor Wilayah Departemen Agama Provinsi Sulawesi Tenggara Nomor 232 Tahun 1970 tanggal 30 September 1970, PGAS 4 Tahun Kabaena secara resmi berubah status dari swasta menjadi negeri dengan nama Pendidikan Guru Agama Negeri (PGAN) 4 Tahun Kabaena. Selanjutnya, pada 18 Maret 1972 (2 Safar 1392 H), PGAN 4 Tahun Kabaena diresmikan oleh Bupati Buton atas nama Menteri Agama Republik Indonesia, Zainal Arifin Soegianto. Pada masa itu, lulusan PGAN 4 Tahun dapat melanjutkan pendidikan selama dua tahun di PGAN Buton yang berlokasi di Baubau sebagai jenjang lanjutan pendidikan guru agama.

Sejalan dengan kebijakan nasional yang melakukan penataan sistem pendidikan guru agama, pada bulan April 1978 PGAN 4 Tahun Kabaena dialihkan menjadi Madrasah Tsanawiyah Negeri (MTsN). Perubahan tersebut dilatarbelakangi oleh kebijakan pemerintah untuk menyesuaikan struktur pendidikan nasional sehingga lembaga pendidikan guru tingkat pertama dialihkan menjadi satuan pendidikan menengah pertama berciri khas Islam. Sejak saat itu, nama lembaga berubah menjadi Madrasah Tsanawiyah Negeri (MTsN) Kabaena. Perubahan berikutnya terjadi berdasarkan Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 184 Tahun 2014 tanggal 25 November 2014, yang menetapkan perubahan nama MAN, MTsN, dan MIN di Provinsi Sulawesi Tenggara. Melalui keputusan tersebut, MTsN Kabaena resmi berganti nama menjadi Madrasah Tsanawiyah Negeri 1 Bombana (MTsN 1 Bombana), nama yang digunakan hingga sekarang sebagai simbol kesinambungan sejarah, pengabdian, dan kontribusi madrasah dalam mencerdaskan kehidupan bangsa dan masyarakat Bombana melalui pendidikan Islam yang bermutu.